清政府为了缴纳这笔赔款，首先是在国家提高赋税和田税。普通百姓的收入是铜钱，需要兑换为白银才能缴纳，在这个过程中往往被清朝官吏中饱私囊，所以上下剥削关系就成了帝国主义剥削清政府，清政府剥削百姓，这就是历史教科书中提到的“《马关条约》加大了百姓负担”的本质。
在税收以外，清政府还发行了公债“昭信股票”，向民间集中资金。不过，这些措施对于赔款而言都是“杯水车薪”，清政府主要的赔款来源是以出卖领土和资源等主权为代价的对外借款。1895年，清政府支付了《马关条约》赔款的第一部分。
其中，清政府向沙俄和法国签订了“俄法洋款”，借得1582万英镑；又和瑞士签订了“克萨磅款”，借得100万英镑。按照当时的汇率，这笔借款总价值约为1亿两白银。
1896年，清政府支付第二次部分的赔款。其中，清朝向英国、德国共借款1600万英镑，也就是“英德洋款”借据。借款剩余的部分和国内收入主要用于第三次赔款。
1898年，清政府第四次向日本赔款，并付清了剩余的全部赔款，因此日本没有追加利息。这次赔款的主要来源还是向英、德银行借款，也就是“续借英德洋款”1600万英镑。需要说明的是帝国主义借给清政府的钱并不是无条件的，比如德国以此为借口强占胶州湾，英国则夺取我国沿海口岸征收海关税。
通过这些借款的附加条件，帝国主义可以在中国征收海关税，并享受其他政治特权，甚至可以干涉中国内政。本质上而言，清政府的借款就是以出卖领土主权为代价的饮鸩止渴。
